National Center for Biotechnology Information |
Pengantar Umum
Memahami bahasa alam bisu namun elegan dari sel-sel hidup adalah pencarian biologi molekuler modern. Dari alfabet hanya empat huruf mewakili subunit kimia DNA muncul sintaks dari proses kehidupan yang paling kompleks ekspresi manusia. Mengungkap dan penggunaan "alfabet" untuk bentuk baru "kata dan frase" adalah fokus sentral dari bidang biologi molekuler. Volume mengejutkan data molekuler dan pola yang samar dan halus telah menyebabkan syarat mutlak untuk database terkomputerisasi dan alat analisis. Tantangannya adalah dalam mencari pendekatan baru untuk berurusan dengan volume dan kompleksitas data dan dalam menyediakan peneliti dengan akses yang lebih baik untuk analisis dan alat komputasi untuk meningkatkan pemahaman dari warisan genetik kita dan perannya dalam kesehatan dan penyakit.
Membuat NCBI
Senator akhir Claude Pepper mengakui pentingnya metode pengolahan informasi terkomputerisasi untuk melakukan penelitian biomedis dan undang-undang yang disponsori mendirikan Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI) pada tanggal 4 November 1988, sebagai sebuah divisi dari National Library of Medicine (NLM ) di Institut Kesehatan Nasional (NIH). NLM dipilih untuk pengalaman dalam menciptakan dan memelihara database biomedis, dan karena sebagai bagian dari NIH, itu bisa membangun program penelitian intramural komputasi dalam biologi molekular. Komponen penelitian kolektif NIH membentuk fasilitas penelitian biomedis terbesar di dunia.
Penelitian Dasa
Sebagai sumber daya nasional untuk informasi biologi molekuler, misi NCBI adalah untuk mengembangkan teknologi informasi baru untuk membantu dalam pemahaman proses molekuler dan genetik yang mendasar yang mengontrol kesehatan dan penyakit. Lebih khusus, NCBI telah diisi dengan menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis pengetahuan tentang biologi molekuler, biokimia, genetika dan memfasilitasi penggunaan database tersebut dan perangkat lunak oleh penelitian dan komunitas medis; mengkoordinasikan upaya-upaya untuk mengumpulkan informasi bioteknologi baik secara nasional dan internasional, dan melakukan penelitian metode canggih berbasis komputer pengolahan informasi untuk menganalisis struktur dan fungsi molekul biologis penting.
Untuk melaksanakan tanggung jawab yang beragam, NCBI:
><(((:> melakukan penelitian pada masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematis dan komputasi
><(((:> mempertahankan kerjasama dengan beberapa lembaga NIH, akademisi, industri, dan lembaga pemerintah lainnya
><(((:> mendorong komunikasi ilmiah oleh pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian cerama
><(((:> mendukung pelatihan pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi komputasi untuk rekan-rekan postdoctoral melalui Program Penelitian NIH Intramural
><(((:> melibatkan anggota masyarakat ilmiah internasional dalam penelitian dan pelatihan informatika melalui Program Pengunjung Ilmiah
><(((:> mengembangkan, mendistribusikan, mendukung, dan koordinat akses ke berbagai database dan perangkat lunak untuk masyarakat ilmiah dan medis
><(((:> mengembangkan dan mempromosikan standar untuk database, deposisi data dan pertukaran, dan tata-nama biologi
Program dan Kegiatan
Penelitian Dasar
NCBI memiliki kelompok penelitian multi-disiplin yang terdiri dari ilmuwan komputer, ahli biologi molekular, matematikawan, ahli biokimia, dokter penelitian, dan ahli biologi struktural berkonsentrasi pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi molekular komputasi. Ini peneliti tidak hanya membuat kontribusi penting untuk ilmu pengetahuan dasar, tetapi juga berfungsi sebagai mata air metode baru untuk kegiatan penelitian terapan. Bersama-sama mereka sedang mempelajari masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematika dan komputasi. Masalah-masalah ini termasuk organisasi gen, analisis urutan, dan prediksi struktur. Sebuah contoh dari proyek penelitian saat ini meliputi: deteksi dan analisis organisasi gen, pola urutan berulang, domain protein dan elemen struktur, pembuatan peta gen dari genom manusia, pemodelan matematika kinetika infeksi HIV, analisis pengaruh kesalahan sekuensing untuk mencari database, pengembangan algoritma baru untuk mencari database dan beberapa sequence aligment, konstruksi non-berlebihan urutan database, model matematika untuk estimasi signifikansi statistik kesamaan urutan, dan model vektor untuk pencarian teks. Selain itu, peneliti NCBI memelihara kolaborasi berkelanjutan dengan beberapa lembaga dalam NIH dan juga dengan berbagai laboratorium penelitian akademis dan pemerintah.
Database dan Software
NCBI menerima tanggung jawab untuk database GenBank urutan DNA pada Oktober 1992. NCBI staf dengan pelatihan lanjutan dalam biologi molekuler membangun database dari urutan disampaikan oleh laboratorium individu dan pertukaran data dengan database urutan nukleotida internasional, Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL) dan Database DNA Jepang (DDBJ). Pengaturan dengan US Patent dan Trademark Office memungkinkan penggabungan data sekuens dipatenkan.
Selain GenBank, NCBI mendukung dan mendistribusikan berbagai database untuk komunitas medis dan ilmiah. Ini termasuk Pewarisan Mendel Online di Man (OMIM), Database Modeling Molekuler (MMDB) dari struktur protein 3D, Koleksi Unik Gene urutan Manusia (UniGene), Peta Gene dari Human Genome, Browser taksonomi, dan Genome Kanker Proyek Anatomi (CGAP), bekerjasama dengan National Cancer Institute.
Entrez adalah pencarian NCBI dan sistem pencarian yang memberikan pengguna dengan akses terpadu untuk urutan, taksonomi pemetaan,, dan data struktural. Entrez juga menyediakan pemandangan grafis dari urutan dan peta kromosom. Sebuah fitur yang kuat dan unik dari Entrez adalah kemampuan untuk mengambil urutan terkait, struktur, dan referensi. Literatur jurnal tersedia melalui PubMed, pencarian web antarmuka yang menyediakan akses ke lebih dari 11 juta kutipan dalam MEDLINE dan jurnal berisi link ke teks lengkap artikel di situs Web penayang yang berpartisipasi '.
BLAST adalah program untuk mencari kesamaan urutan dikembangkan di NCBI dan berperan dalam mengidentifikasi gen dan fitur genetik. BLAST dapat mengeksekusi pencarian urutan terhadap database seluruh DNA dalam waktu kurang dari 15 detik. Perangkat lunak tambahan yang disediakan oleh NCBI meliputi: Membaca Buka Bingkai Finder (ORF Finder), Elektronik PCR, dan alat-alat urutan penyerahan, payet dan BankIt. Semua database NCBI dan alat-alat perangkat lunak yang tersedia dari WWW atau FTP. NCBI juga memiliki server email yang menyediakan cara alternatif untuk mengakses database untuk mencari teks atau mencari urutan kesamaan.
Outreach dan Pendidikan
NCBI mendorong komunikasi ilmiah di bidang komputer, seperti yang diterapkan untuk biologi molekuler dan genetika, oleh pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian ceramah. Program Pengunjung ilmiah telah dibentuk untuk mendorong kolaborasi dengan para ilmuwan luar sekolah. Posisi postdoctoral fellow tersedia sebagai bagian dari Program Penelitian NIH Intramural.
Sumber ;
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/glance/programs.html
