Sabtu, 31 Desember 2011

PERANAN BIO-INFORMASI DALAM APLIKASI TRANSFER GEN DALAM AKUAKULTUR

What it is  BIO-INFORMATIKA ?????
BIO-INFORMATIKA merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatika tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.
WHY ???
Mengapa di hubungkan dalam Aplikasi Transfer Gen Dalam Akuakultur  ???
Karena di dalam akuakultur harus mengetahui informasi tentang karakter –karakter genetika seperti peningkatan laju pertumbuhan, ketahanan terhadap kadar oksigen terlarut rendah.

APLIKASI TRANSFER
GEN DALAM AKUAKULTUR
            Dalam proses Aplikasi Transfer Gen dalam Akuakultur  jurnal yang dapat di lihat di KLIK DISINI

Produksi akuakultur diharapkan dapat ditingkatkan untuk memenuhi kebutuhan pangan akan ikan  akibat peningkatan populasi manusia maka intensita dan kepasitas produksi ikan akan meningkat dengan menggunakan pendekatan Bioteknologi. Teknik tersebut salah satu metode yang tepat untuk pengembangan akuakultur adalah teknologi transfer gen.
Macam-macam Teknik Transfer Gen :
1.Mikroinjeksi
            Digunakan dalam introduksi gen pada ikan
2. Elektroforesis
            Digunakan untuk membuat reparable-holes pada membrane sel dengan bantuan aliran listrik yang bergetar (electric pulse)
3.Metode Alternatif
            Merupakan pengengembangan dari metode mikroinjeksi, dengan pertimbangan bahwa untuk menghasilkan ikan transgenic membutuhkan banyak wktu,biaya, fasilitas dan tenaga.

            Kemajuan ilmu bio-informasi dapat digabungkan aspek eko-biologi dari ikan transgenic bila terlepas ke populasi alami, penggunaan ikan transgenic yang steril dan pemeliharaan dalam sistim tertutup biasa di pertimbangkan penerapannya.


         Untuk mendukung penerapan – penerapan bio-informasi di atas Saya ambil suatu contoh suatu proses VARIASI GENETIK PERSILANGAN 3 STRAIN IKAN NILA ( Oreochromis niloticus ) DENGAN IKAN MUJAIR ( O. mossambicus ) DENGAN METODE RANDOMLY AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA ( REPH ). Jurnal dapat di lihat dKLIK DI SINI DOWNLOAD


VARIASI GENETIK PERSILANGAN 3 STRAIN 
IKAN NILA ( Oreochromis niloticus ) DENGAN IKAN MUJAIR 
( O. mossambicus ) DENGAN METODE RANDOMLY AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA ( REPH )

Kenapa di lakukan Persilangan ???
Persilangan merupakan kegiatan pemulihan yang dilakukan sebegai upaya untuk meningkatkan variasi genetik dan untuk meningkatkan kualitas ikan , serta untuk mengetahui kekerabatan antara satu individu dengan individu lainya , maka dilakukan pendekatan molekuler yaitu dengan metode RAPD ( Randomly Amplified Polymorphic DNA ) sehingga dapat melihat karakter polimorfisme dari masing – masing ikan.
Dalam percobaan :
1.Isolasi DNA
            Ikan yang digunakan adalah benih persilangan pada umur 3 bulan .Ganom DNA diperoleh dari jaringan daging ikan , yang dihasilkan dari proses ekstraksi menggunakan metode isolasi DNA GF 1 ( vivantis )
2.PCR
            Amplifikasi menggunakan 3 primer ( Operon Tecnologies Primer set A, 1 st BASE Pte ltd ). Setiap satu kali proses PCR menggunakan primer tunggal.
3.Elektroforesis
Hasil PCR dapat dilihat melalui Elektroforesis, larutan yang di buat tersebut bias dicampur campur kemudian  divisualisasikan pada UV transilumintor.

            Dari hasil persilangan 3 Strain ikan nila dengan ikan mujair memiliki variasi genetic yang beragam dengan polimorfisme yang berbanding dengan nilai heterozigositas dan memiliki jarak genetic yang relative cukup jauh antara nila Nirwana x Nirwana dengan Red NIFI x Mujair.  Sedangkan yang memiliki hubungan kekerabatan terdekat adalah persilangan ikan Nila BEST. Pengelompokan tersebut berdasarkan induk betina sebagai penurun gen dominan.




BIO-INFORMASI sangat menbantu dalam kegiatan Budidaya ikan ....

Kamis, 15 Desember 2011

Tugas TI (SIG dan PENGINDRAAN JARAK JAUH


Sistem Informasi Geografis (selanjutnya disebut SIG atau GIS : Geographic Information System) karena banyaknya cara untuk mendefinisikan dan mengklasifikasikannya. Penekanan-penekanan dalam SIG juga beraneka ragam. Beberapa berpendapat bahwa perangkat lunak dan keras adalah fokus utama, sedangkan yang lain berpendapat bahwa intinya adalah proses informasi/aplikasi.ESRI (1989) mendefiniskkan SIG sebagai : An organized collection of computer hardware, software, geographic data and personnal designed to efficiently capture, store, update, manipulate, analyze, and display all forms of geographicaly referenced information (kumpulan yang terorganisir dari perangkat keras komputer, perangkat lunak, data geografi dan personil yang didisain untuk memperoleh, menyimpan, memperbaiki, memanipulasi, menganalisis dan menampilkan semua bentuk informasi yang bereferensi geografi. Pada bagian lain ESRI meringkasnya, SIG sebagai A computer system capable of holding and using data describeing places on the earth’s surface (sistem komputer yang mampu menangani dan menggunakan data yang menjelaskan tempat pada permukaan bumi).
Dapat disimpulkan bahwa SIG merupakan suatu alat, metode, dan prosedur yang mempermudah dan mempercepat usaha untuk menemukan dan memahami persamaan-persamaan dan perbedaan-perbedaan yang ada dalam ruang muka bumi. Keywords yang menjadi titik tolak perhatian SIG adalah lokasi geografis dan analisis spasial yang secara bersama-sama merupakan dasar penting dalam suatu sistem informasi keruangan
SIG merupakan suatu sistem yang mengorganisir perangkat keras (hardware), perangkat lunak (software), dan data, serta dapat mendaya-gunakan sistem penyimpanan, pengolahan, maupun analisis data secara simultan, sehingga dapat diperoleh informasi yang berkaitan dengan aspek keruangan.

SIG merupakan manajemen data spasial dan non-spasial yang berbasis komputer dengan tiga karakteristik dasar, yaitu: (i) mempunyai fenomena aktual (variabel data non-lokasi) yang berhubungan dengan topik permasalahan di lokasi bersangkutan; (ii) merupakan suatu kejadian di suatu lokasi; dan (iii) mempunyai dimensi waktu.


selain SIG ada juga GIS.
APA itu GIS ?
Geographical information system (GIS) merupakan komputer yang berbasis pada sistem informasi yang digunakan untuk memberikan bentuk digital dan analisa terhadap permukaan geografi bumi.Defenisi GIS selalu berubah karena GIS merupakan bidang kajian ilmu dan teknologi yang relatif masih baru. Beberapa defenisi dari GIS adalah:
1.Definisi GIS (Rhind, 1988):
GIS is a computer system for collecting, checking, integrating and analyzing information related to the surface of the earth.
2.Definisi GIS yang dianggap lebih memadai (Marble & Peuquet, 1983) and (Parker,
1988; Ozemoy et al., 1981; Burrough, 1986): GIS deals with space-time data and often but not necessarily, employs computer hardware and software.
Penginderaan jauh
Penginderaan jauh (atau disingkat inderaja) adalah pengukuran atau akuisisi data dari sebuah objek atau fenomena oleh sebuah alat yang tidak secara fisik melakukan kontak dengan objek tersebut atau pengukuran atau akuisisi data dari sebuah objek atau fenomena oleh sebuah alat dari jarak jauh, (misalnya dari pesawat ,kapal  atau alat lain. Contoh dari penginderaan jauh antara lain satelit pengamatan bumi, satelit cuaca, memonitor janin dengan ultrasonik dan wahana luar angkasa yang memantau planet dari orbit. Inderaja berasal dari bahasa Inggris remote sensing, bahasa Perancis télédétection, bahasa Jerman fernerkundung, bahasa Portugis sensoriamento remota, bahasa Spanyol percepcion remote dan bahasa Rusia distangtionaya. Di masa modern, istilah penginderaan jauh mengacu kepada teknik yang melibatkan instrumen di pesawat atau pesawat luar angkasa dan dibedakan dengan penginderaan lainnya seperti penginderaan medis atau fotogrametri. Walaupun semua hal yang berhubungan dengan astronomi sebenarnya adalah penerapan dari penginderaan jauh (faktanya merupakan penginderaan jauh yang intensif), istilah "penginderaan jauh" umumnya lebih kepada yang berhubungan dengan teresterial dan pengamatan cuaca.

Selain itu juga ada TEKNOLOGI GLOBAL POSITIONING SYSTEM (GPS) dp di lihat dijurnal PEMANFAATAN TEKNOLOGI GLOBAL POSITIONING SYSTEM (GPS) DALAM PEMBANGUNGAN INFORMASI SPASIAL  geomatika muncul dari perkembangan kebutuhan masyarakat akan informasi spasial yang cepat dan akurat. Geomatika merupakan satu disiplin ilmu yang mempelajari/berkaitan dengan
proses-proses mengumpulkan, menyimpan, mengolah dan mengirimkan informasi-informasi geografis atau informasi-informasi yang memiliki referensi spasial. Geomatika adalah disiplin ilmu modern yang mengintegrasikan proses akuisisi, pemodelan, analisis, dan pengelolaan data yang bereferensi secara spasial. Dengan berdasar pada kerangka kerja ilmiah geodesi, geomatika menggunakan sensor-sensor terestris, kelautan, udara  dan dirgantara untuk memperoleh data spasial dan yang lainnya. Geomatika juga melibatkan proses transformasi data bereferensi spasial dari sumber-sunber yang berlainan ke dalam sistem informasi bersama yang memiliki karakteristik akurasi yang sudah baik. Istilah Geomatika sendiri berkaitan dengan ilmu, teknologi dan seni yang mengintegrasikan disiplin-disiplin ilmu, antara lain, geodesi, surveying, pemetaan, penentuan posisi (positioning), teknik geomatika, navigasi, kartografi, penginderaan jauh, fotogrametri, SIG, GPS, Geospasial dll.
         GPS untuk mewujudkan koordinat yang bereferensi global secara cepat dan relatif murah sangat membantu pembangunan data dan informasi spasial. Peran GPS sangat luas mulai dari ikut serta mendefinisikan sistem kerangka global (ITRF), merapatkan kerangka global ke sekala regional, nasional, bahkan lokal, sampai pada “mendigitasi” data lapangan secara  realtime. Walapun tetap harus diperhatikan pada ruang georeferensi yang mana data atau informasi spasial tersebut akan “diikatkan” karena akan mempengaruhi pemilihan peralatan, metoda pengamatan dan metoda hitungan.  Paradigma global yang diberikan GPS sangat mendukung pembangunan infrastruktur data spasial nasional (IDSN) karena dengan paradigma ini GPS dapat menjamin bahwa data atau informasi yang dipertukarkan adalah data atau informasi pada lokasi yang tepat.